行政機關二級機構負責人的任命是否必須由人事部門下文，這取決于具體的法律法規和行政規定。

在中國，根據《中華人民共和國公務員法》和《中華人民共和國行政機關公務員處分條例》等相關法律法規，公務員的任命通常需要按照一定的程序進行。對于行政機關二級機構負責人的任命，一般需要經過以下程序：

1.提名：由上級機關或者相關領導提名。

2.考察：對提名人員進行考察，包括政治素質、業務能力、工作表現等。

3.任命：考察合格后，由有權機關按照法定程序進行任命。

4.公告：任命決定后，通常需要以公告的形式對外公布。

至于是否必須由人事部門下文，這通常取決于以下因素：

-法律法規的規定：如果相關法律法規明確規定由人事部門下文，則必須按照規定執行。

-行政規定：如果行政機關內部有具體的規定，要求由人事部門下文，則也應遵循。

在實際操作中，如果行政機關內部沒有明確規定，或者相關法律法規沒有強制要求，那么任命決定是否由人事部門下文，可能由上級機關根據實際情況決定。

行政機關二級機構負責人的任命是否必須由人事部門下文，需要根據具體的法律法規和行政規定來確定。如果有疑問，建議咨詢相關法律法規或咨詢行政機關內部的具體規定。