根據中國相關法律法規和規定，持有公路二級、市政一級建造師資格證書的專業人士是可以注冊在不同的單位的。建造師注冊制度規定，建造師個人只能在一個單位注冊，但單位可以有多名持有不同專業資格證書的建造師。

以下是具體的幾點說明：

1.個人注冊：每個建造師個人只能在一個單位注冊，一旦注冊，其建造師執業資格將歸該單位所有。

2.單位注冊：不同的單位可以注冊不同專業的建造師。這意味著，一個持有公路二級和市政一級建造師證書的個人，可以在兩個不同的單位分別注冊。

3.專業對應：公路二級建造師證和市政一級建造師證對應不同的工程領域。公路二級建造師主要對應公路工程領域，而市政一級建造師主要對應市政基礎設施工程領域。

4.資質要求：不同的單位可能對建造師的資質有不同的要求，這可能會影響個人是否可以在不同單位注冊。

5.法律法規：具體的注冊規定可能隨著國家相關法律法規的更新而有所變化，因此建議咨詢當地的建設主管部門或注冊機構獲取最新的信息。

持有公路二級、市政一級建造師證書的個人，理論上可以在兩個不同的單位分別注冊，但具體情況還需根據當地的具體規定和單位的要求來確定。