選擇研究生藥學專業時，可以考慮以下幾個因素：

1.專業排名和教學質量：溫州醫科大學和浙江工業大學在藥學領域的專業排名、師資力量、教學資源等方面各有優勢。溫州醫科大學作為一所醫學類院校，其藥學專業可能更側重于臨床藥學、藥物研發等方面；而浙江工業大學作為一所綜合性大學，其藥學專業可能更注重藥學基礎理論和應用研究。

2.研究方向和特色：了解兩校藥學專業的具體研究方向和特色，看看哪個更符合你的興趣和職業規劃。

3.地理位置和校園環境：溫州醫科大學位于浙江省溫州市，浙江工業大學位于杭州市。杭州作為浙江省的省會，經濟、文化、交通等方面更為發達，生活便利性更高；而溫州則是一個充滿活力的沿海城市，有著獨特的地域文化。

4.就業前景：考慮畢業后的就業方向，了解兩校藥學專業畢業生的就業情況，包括就業率、就業質量等。

5.個人偏好：根據你的個人喜好和職業規劃，選擇你更感興趣的院校。

綜合考慮以上因素，以下是一些建議：

-如果你更傾向于臨床藥學、藥物研發等領域，溫州醫科大學可能更適合你。

-如果你更注重藥學基礎理論和應用研究，或者對綜合性大學的教育模式更感興趣，浙江工業大學可能更適合你。

最終，建議你根據自己的實際情況和偏好做出選擇。同時，你也可以咨詢在校的學長學姐、導師或相關領域的專業人士，以獲取更全面的信息。