武漢體育學院武當山校區與本校在多個方面存在差異：

1. 教學層次：武漢體育學院本部主要進行本科教學，而武當山校區則主要進行專科教學。

2. 招生批次：武漢體育學院本部的招生批次為一本和二本，而武當山校區的招生批次則為三本。

3. 畢業證書：盡管都是武漢體育學院的一部分，但武當山校區的畢業證書與本部的畢業證書存在一定的差異。

4. 地理位置：武漢體育學院本部位于武漢市洪山區，而武當山校區則位于湖北省十堰市武當山旅游經濟特區。

5. 辦學性質：武漢體育學院武當山校區是經湖北省人民政府批準，由武漢體育學院和十堰市人民政府聯合舉辦的具有特色鮮明的本科學院，是武漢體育學院的二級教學管理單位。

6. 招生代碼：武漢體育學院本部和武當山校區的招生代碼也不同，這在招生時會有具體體現。

綜上所述，武漢體育學院武當山校區與本校在教學層次、招生批次、畢業證書、地理位置、辦學性質和招生代碼等方面均存在顯著差異。這些差異使得兩者在實際運作和學生培養上有著不同的特點和側重點。