在Android系統中，修改APK文件中的權限通常涉及到反編譯APK文件，修改其中的權限設置，然后再重新編譯APK。以下是在R.E文件管理器中修改APK權限的步驟：

1. 下載并安裝R.E文件管理器：

確保你的設備上已經安裝了R.E文件管理器。

2. 找到APK文件：

使用R.E文件管理器找到你想修改權限的APK文件。

3. 使用R.E文件管理器打開APK文件：

在R.E文件管理器中，長按APK文件，選擇“打開”或“打開方式”，然后選擇“安裝應用”。

4. 安裝APK并獲取root權限：

在安裝過程中，R.E文件管理器會提示你獲取root權限。如果你的設備已經root，則直接授權；如果沒有root，可能需要先獲取root權限。

5. 使用APK修改工具：

獲取root權限后，R.E文件管理器可能會提供APK修改工具，如APK編輯器。通過這個工具，你可以修改APK文件中的權限。

6. 修改權限：

在APK編輯器中，找到權限設置部分，這里通常有一個名為`AndroidManifest.xml`的文件。在這個文件中，你可以找到所有的權限設置，如``標簽。

例如，要修改某個應用不需要的權限，你可以刪除對應的``標簽。

7. 保存并重新編譯APK：

修改完成后，保存更改，并使用APK編輯器重新編譯APK。

8. 安裝修改后的APK：

將修改后的APK文件通過R.E文件管理器安裝到設備上。

請注意，修改APK文件和修改系統權限可能存在風險，包括但不限于系統不穩定、數據丟失或設備損壞。修改后的APK可能需要重新簽名，否則可能會在安裝時遇到問題。

以下是一個簡單的`AndroidManifest.xml`文件中的權限修改示例：

```xml

package="com.example.app">

-->

android:allowBackup="true"

android:icon="@mipmap/ic_launcher"

android:label="@string/app_name"

android:roundIcon="@mipmap/ic_launcher_round"

android:supportsRtl="true"

android:theme="@style/AppTheme">

```

在上述示例中，注釋掉了`SEND_SMS`權限，這意味著應用將不再需要發送短信的權限。請確保你了解每個權限的含義和作用，以免造成不必要的麻煩。